Es lo más facil. Símplemente copia los flujos de audio y video, y MEncoder genera el índice. Por supuesto esto no puede arreglar posibles errores en los flujos de audio y/o video. También arregla archivos con interpolado incorrecto, es decir la opción -ni ya no será necesaria nunca más.
Órden:
mencoder -idxentrada.avi-ovc copy -oac copy -osalida.avi
Como un efecto co-lateral, la función de corregir AVI's sin índice habilita a MEncoder para unir 2 (o más) archivos AVI:
Órden:
cat 1.avi 2.avi | mencoder -noidx -ovc copy -oac copy -o salida.avi -
Esto espera que 1.avi y 2.avi usen los mismos codecs, resolución, tasa de flujo etc, y al menos 1.avi no esté roto. Puede que necesite corregir sus archivos AVI de entrada primero, como se describe más arriba.