Звуковые драйвера в Linux имеют проблемы совместимости. Причина в том, что MPlayer полагается на встроенную возможность правильно написанных звуковых драйверов, которая позволяет им осуществлять корректную аудио/видео синхронизацию. К сожалению, авторы некоторых драйверов не заботятся о реализации этой возможности, т.к. это не нужно для проигрывания MP3 или звуковых эффектов.
Другие медиаплейеры, такие как aviplay или xine возможно работают "прямо из коробки" поскольку они используют "простые" методы со встроенным таймингом. Измерения показывают, что их методы не так эффективны как методы MPlayer'а.
Использование MPlayer с правильно написанным звуковым драйвером никогда не приведет к рассинхронизации Аудио/Видео, исключая разве что ужасно созданные файлы (смотрите страницу man руководства для решения проблем).
Если вам посчастливилось иметь плохой звуковой драйвер, попробуйте опцию -autosync, она может решить проблему. Смотрите страницу man руководства для подробной информации.