MEncoder può codificare da file o direttamente da un disco DVD o VCD. Includi semplicemente nella riga comando il nome file per codificare dal file stesso, oppure dvd://numero_titolo o vcd://numero_traccia per codificare da un titolo DVD o da una traccia VCD. Se hai già copiato un DVD sul tuo disco fisso (puoi usare uno strumento come dvdbackup, disponibile per la maggior parte dei sistemi) e desideri codificare da tale copia, dovresti ancora usare la sintassi dvd://, insieme con -dvd-device seguita dal percorso della radice del DVD copiato. Le opzioni -dvd-device e -cdrom-device possono anche essere usate per reimpostare i percorsi dei dispositivi al fine di leggere direttamente dal disco, se i valori di default /dev/dvd e /dev/cdrom non funzionano sul tuo sistema.

Durante la codifica da DVD, spesso si vogliono selezionare un capitolo o una serie di capitoli da codificare. Per questo fine puoi usare l'opzione -chapter. Per esempio, -chapter 1-4 codificherà solo i capitoli dall'1 al 4 dal DVD. Questo è particolarmente utile se vuoi fare una codifica in 1400 MB destinata a due CD, visto che puoi esser sicuro che il punto di divisione sia proprio tra un capitolo e l'altro invece che a metà di una scena.

Se hai una scheda di acquisizione TV supportata, puoi anche codificare dal dispositivo di ingresso TV. Usa tv://numero_canale come nome file e -tv per configurare varie opzioni di acquisizione. L'ingresso DVB funziona in modo simile.