A MEncoder tud kódolni fájlokból vagy akár direkt DVD vagy VCD lemezekről is. A fájlból való kódoláshoz egyszerűen csak add meg a fájl nevét a parancssorban, vagy a dvd://részszám vagy vcd://sávszám eszközt a DVD részről vagy VCD sávról történő kódoláshoz. Ha egy DVD-t már átmásoltál a merevlemezedre (használhatod pl. a dvdbackup ezsközt, mely a legtöbb rendszeren megvan), és a másolatot akarod elkódolni, akkor is használnod kell a dvd:// szintaxist, a -dvd-device-szal együtt, amit a lemásolt DVD gyökérkönyvtárának elérési útja követ. A -dvd-device és -cdrom-device kapcsolókkal felülbírálhatóak a direkt lemezolvasásnál használt eszközök elérési útjái is, ha az alapértelmezett /dev/dvd és /dev/cdrom nem működnek a rendszereden.

Ha DVD-ről kódolsz, gyakran kívánatos, hogy a kódolni kívánt fejezetet vagy fejezetek tartományát is megadd. Ehhez használhatod a -chapter kapcsolót. Például a -chapter 1-4 csak az 1-4 fejezeteket fogja elkódolni a DVD-ről. Ez különösen hasznos, ha egy 1400 MB-os kódolást csinálsz két CD-re, mivel meggyőződhetsz róla, hogy a vágás pontosan fejezet határnál lesz és nem egy jelenet közepén.

Ha van támogatott TV felvevő kártyád, tudsz kódolni a TV-in eszközről is. Használd a tv://csatornaszám eszközt fájlnévként és a -tv kapcoslót a mentési beállítások megadásához. A DVB hasonlóképpen működik.