MEncoder umí enkódovat ze souborů nebo přímo z DVD či VCD disku. Vložte na příkazovém řádku jméno souboru pro enkódování souboru, nebo dvd://číslo_titulu nebo vcd://číslo_stopy pro enkódování DVD titulu či VCD stopy. Máte-li již zkopírováno DVD na hard disk (k tomu můžete použít nástroj jako dvdbackup, dostupný na mnoha systémech), a chcete enkódovat z kopie, měli byste i zde použít syntaxi dvd:// ve spojení s volbou -dvd-device následovanou cestou do kořenového adresáře skopírovaného DVD. Volby -dvd-device a -cdrom-device lze rovněž použít k přenastavení cest k souborům zařízení pro přímé čtení disků, pokud výchozí /dev/dvd a /dev/cdrom na vašem systému nepracují.

Enkódujete-li z DVD, je často vhodné vybrat kapitolu nebo rozsah kapitol k enkódování. Pro tento účel můžete použít volbu -chapter. Například s volbou -chapter 1-4 se budou z DVD enkódovat pouze kapitoly 1 až 4. To se zvlášť hodí, pokud budete enkódovat film na velikost 1400 MB určený pro dvě CD, jelikož budete mít jistotu, že zlom nastane přesně na hranici kapitol místo uprostřed scény.

Pokud máte podporovanou TV zachytávací kartu, můžete rovněž enkódovat ze zařízení TV vstupu. Použijte tv://číslo_kanálu jako jméno souboru a volbu -tv pro konfiguraci různých nastavení zachytávání. Vstup z DVB pracuje obdobně.